Tdo comienza en una colonia humana exterior llamada Harvest. Reciben una señal de que se ha detectado una nave extraña y luego se cortan las comunicaciones. la nave de guerra enviada a investigar no regresa. Envian tres naves y encuentran el planeta arrasado, vitifricado. La poblacion ha sido exterminada y la ecosfera destruida. Aparece una nave alienigena hostil que les envia un mensaje en ingles aunciando que la destruccion de la humanidad es la voluntad de Dios y que ellos son su instrumento. Los alienigenas son una especie de alianza de varias especies y se llaman asi mismos algo que podria traducrse al ingles como "El Covenant". La nave alienigena ataca y es destruida, pero antes se lleva por delante dos de las tres naves humanas. Se reune una gran flota de combate humana dirigida por el almirante Cole. Esta flota derrota al Covenant pero lo hace contando con una superioridad numerica de tres a uno y perdiendo casi dos tercios de sus efectivos en la lucha. La tecnologia del Coventant es superior y poco a poco van vitrificando las colonias exteriores de la humanidad. En tierra firme los humanos gana batallas gracias a una raza especial de supersoldados equipados con la tecnologia mas moderna, los Spartans, pero en el espacio la mayoria de las batallas le son adversas a la humanidad. El exterminio de ls humanos es solo cuestion de tiempo y ademas no mucho.

Año 2552 el Almirante Jacob Keyes al mando de un destructor asignado en el sistema Sigma Octanus detecta cuatro naves del Covenant. Pide ayuda a las naves cercanas al sistema, pero mediante unas maniobras arriesgadas y una bomba nuclear consigue destruirlas, pero no detectan que otra nave ha empezado una invasión terrestre cerca del polo norte. Al llegar la ayuda empiezan a evacuar a los habitantes del planeta, y envían varios comandos al planeta para frenar la invasión. Keyes no entiende lo que está pasando, cuando normalmente el Covenant no se interesa por el hábitat de los planetas. Simplemente los bombardean desde el espacio eliminando cualquier rastro de vida. Se preparan para una nueva batalla y cuando esta empieza, Keyes se da cuenta de que una nave del Coventant está en una órbita baja. La destruye e intercepta una transmisión que estaba recibiendo la nave enemiga. Mientras tanto los Spartans se encuentran en la superficie del planeta para recoger a los civiles rezagados y destruir parte de la fuerza del Covenant. Por curiosidad descubren un monolito de cuarzo en un museo custodiado por las fuerzas enemigas, y que al parecer oculta un mensaje que estaban enviando a su nave en órbita. Recogen el monolito, detonan una bomba nuclear y se retiran del planeta. De vuelta en el cuartel general de la flota human en Alcance (Reach) para evaluar los resultados de la misión, John se encuentra con Jacob Keyes. Jacob le reconoce pero John no. Además le dice que los de la ONI están irritados por los resultados de la misión del Jefe Maestro en Sigma Octanus. John no lo comprende… pero si han ganado!! Jacob le contesta que ganar no lo es todo. Dentro de la sala de evaluación, parecen interrogar a John sobre lo ocurrido y cuestionan su decisión de destruir la ciudad en vez de buscar otro artefacto como el que encontraron. Al salir la Dra. Halsey le dice que pronto hablarán y tendrán que hacer una misión muy importante.

HALO 2 Justo cuando llega donde está ubicado el Scarab, se da cuenta que dentro ya esta Johnson, y le dice que dado que los dos están en una situación crítica tiene que cooperar, tras cubrir el avance del Scarab desde un Banshee, Johnson consigue derribar la puerta del templo. Una vez dentro Inquisidor se abre paso hasta la sala de control y en ese momento se encuentra con Tartarus, el maldito obliga a activar a Miranda el Halo, y mientras se está activando empieza una encarnizada lucha entre Tartarus y Inquisidor. Tras derrotarle, Miranda consigue desactivar Halo, y entonces vuelve a aparecer nuestro amigo el monitor, y explica que la secuencia ha sido detenida, pero que se puede reactivar, desde el arca... Al poco de estos hechos vemos como la nave de Verdad llega a la Tierra, el Jefe Maestro esta dentro de ella, y escucha desde el sistema de comunicación humano al general, que dice que derriben al objetivo, en ese momento el Jefe Maestro interviene y dice que anulen esa orden. Sorprendido el general pregunta al Jefe Maestro qué demonios hace allí, y entonces él responde: He venido a acabar esta guerra. Después de los créditos, podéis ver como Suma caridad está completamente tomada por los Flood, se supone que desde un principio, gran cantidad de tropas del Covenant se dirigieron a la tierra con la intención de encontrar un portal al arca. En Suma caridad se ve como Gravemind se extiende y le dice a Cortana que tiene gran cantidad de apetito por el conocimiento, y que le dirá todo lo que quiera saber, ante lo que Cortana le dice que pregunte todo lo que necesita.

Elementos de Halo Los Halos Los "halos" son un grupo de siete (ahora seis, con la destrucción de la Instalación 04,aunque en Halo 3 se ve como el arca fabrica una réplica) enormes mundos con forma de anillo construidos por los Forerunner, una especie alienígena sobre la cual poco se sabe. Fueron construidos para contener los parásitos Flood y poder estudiar muestras de ellos. Si los Flood eran alguna vez liberados, era responsabilidad del Monitor del Halo activar el último recurso del anillo - una superarma capaz de destrozar toda forma de vida en la galaxia, matando a los Floods de hambre efectivamente. El método preferido de activación es a través del uso de un humano, pues se supone que estos descienden de los Forerunner. Mientras el rango del arma es de máxima efectividad (de acuerdo con el Monitor), de aproximadamente 20,000 años luz, la activación dispararía las otras seis estaciones Halo, extendiendo el rango a la galaxia de la Vía Láctea (más preciso, a tres radios galácticos). El método actual de destrucción nunca ha sido probado(pero ya se activaron en el pasado, acabando con la mayoría de los Forerunner).

HALO Las superficies internas de los Halos, o anillos, tienen la gravedad normal de la atmósfera terrestre, e incluye ríos, lagos, montañas, y otras características normales de la geografía terrestre. Observando de cerca, uno puede ver varias características que se asemejan vagamente a localizaciones del planeta Tierra. Contienen terreno terrestre en su borde interior, usando gravedad artificial generada por generadores artificiales y la fuerza centrifuga del anillo al girar. Los Halos experimentan una permanente situación mitad-día/mitad-noche, y como son generalmente representados orientados verticalmente comparados a un sistema elíptico, no parece que los anillos, o Halos, pudieran proyectar sombras sobre sí mismos. Una gravedad puramente rotatoria requeriría que un simple día estuviera justo por debajo de las dos horas de un día normal terrestre, pero inspecciones visuales sobre Halo y Halo2 indican que un día dura algo más que esto, lo que podría explicarse por la presencia de generadores de gravedad artificial.

Los Halos son superficialmente similares en forma y diseño a el "Mundo Anillo" de la novela de ciencia ficción de Larry Niven en 1970. Mientras que los Halos no son demasiado grandes, con un radio aproximado de 5,000 km, el "Mundo Anillo" podría rodear una estrella y tiene un radio similar a la órbita terrestre (sobre 95 millones de millas). Los Halos son mucho más pequeños que el Mundo Anillo de Larry Niven, y, de hecho, están más cercanos en escala y estructura a la Cultura Orbital de Iain M. Banks. Mientras que el diámetro del Mundo Anillo de Niven está cercano al diámetros de la órbita terrestre de 300 millones de kilómetros, los 10,000 km del diámetro de Halo esta mucho más cercano a él diámetros de la Tierra en sí misma, 12,756 km. El Mundo Anillo tiene una estrella similar a nuestro Sol en el centro, mientras que Halo órbita un planeta pero no lo contiene dentro de sí mismo.

En Halo 2, la Instalación 05, también conocida como Delta Halo, es otra de las instalaciones fortaleza del mundo. También es uno de los anillos que los Covenant están buscando, aunque para controlarlo y activarlo es necesario completar el llamado Gran Viaje. HALO Delta Cuando el Gran Profeta del Pesar abandono New Mombasa, se traslado a Delta Halo (Instalación 05) para hacer el primer intento de activarlo. El Jefe Maestro, no obstante, lo siguió a Delta Halo y lo asesino. Delta Halo tiene estructuras y ruinas sumergidas, sin contar con la poco conocida vida salvaje de dicho Halo. Este Halo es la escena de muchas batallas entre la UNSC, los Covenant, los Flood, y los Centinelas de los Forerunners defendiéndolo. Los tres grupos buscan el Icono Sagrado. Su librería es el hogar del comandante de los Flood, Gravemind. El gigante gas azul que órbita Delta Halo es llamado Substance. Este nombre no aparece mencionado en el juego, pero puede ser visto en el nombre de las texturas de fondo del juego. Cuando los Altos Profetas deciden que los Elites dejen de ser sus guardianes y lo sean los brutes, los Brutes levantan una base de operaciones en la sala de control de este Halo para activar la Instalación, mientras que el buque insignia Forerunner de los Altos Profetas pone rumbo a la Tierra a buscar un pasaje al arca o instalación 00. Ayudado por el Sargento Johnson, el Arbitro y un numero de Elites lanzan una ofensiva contra el campamento Brute dirigido por Tartarus. El Icono es quitado del núcleo de Halo suspendiendo así la activación de Delta Halo. Aun así, la situación envía señales a otras instalaciones Halo y comienzan a prepararse para la activación a distancia desde una Instalación conocida como El Arca o instalación 00, tal como fue dicho por 343 Chispa Culpable al final del juego. Halo 3 comienza con el Jefe entrando a la atmósfera de la Tierra y chocando su nave contra el suelo, donde es encontrado por el sargento Avery Jonson y por el Árbitro. El Jefe, Johnson y compañía luchan por llegar a un puesto fronterizo de la UNSC. Allí, la comandante Keyes y Lord Hood planean un último esfuerzo por frenar al líder del Covenant, el Sumo Profeta de la Verdad, de que activara un artefacto de los Forerunner (una raza desaparecida, muy avanzada), cubierto bajo las ruinas de Mombasa, en Kenya. El Jefe recibe la orden de adentrarse en la ciudad Voi, y destruir todas las defensas anti-aéreas de Covenant para que Hood pudiera guiar a las últimas nave terrestre contra el Profeta. Usando la apertura causada por el ataque terrestre, Hood montó una ofensiva contra la nave de Truth, pero el profeta activó el artefacto enterrado y creó un enorme portal interespacial en el que entró con sus seguidores. Mientras las naves humanas intentaban recuperarse del golpe, una nave controlada por los Flood aterrizó en las cercanías. Las fuerzas Elite Covenant, ahora aliadas con la humanidad, llegaron a la Tierra, y ayudaron a las áreas infectadas de la Tierra, neutralizando la amenaza de los parásitos. Siguiendo el mensaje críptico que Cortana había dejado en la nave de los Flood, el Jefe, el Árbitro, los Elites, Johnson, Keyes y un puñado de marines siguieron a Verdad a través del portal. También se unió a ellos 343 Chispa culpable , quien decidió ayudar al Jefe ya que su anillo había sido destruido en Halo: Combat Evolved.

Al viajar a través del portal, los humanos y Elites descubrieron una inmensa estructura artificial –el Arca-, en las afueras de la Vía Láctea. Allí, el Profeta podía activar a todos los Halos y eliminar de la galaxia cualquier forma de vida. El Jefe y sus compañeros activaron rápidamente las instalaciones del Cartógrafo para encontrar a Verdad; en el proceso, Chispa culpable descubrió que el Arca estaba creando un nuevo anillo para reemplazar al destruido. Guiados por Chispa culpable , el Jefe y el Árbitro se encaminaron hacia la sala de control del Arca. Durante su viaje, llegaron los Flood a la Ciudad Sagrada de Covenant y comenzaron a infectarla. Johnson fue capturado por Truth para activar el Arca porque solo un humano podía usar la tecnología Forerunner. Gravemind forjó una tregua con el Jefe y el Árbitro, en un esfuerzo por detener a Verdad. Aunque Keyes muere a manos del Profeta, el incendio de la instalación es detenido. Luego de que Truth muriera gracias al Árbitro, Gravemind pronto traiciona el Covenant, pero Johnson escapa mientras el Jefe y el Árbitro intentan hacer lo mismo. El Jefe decide activar el nuevo anillo construido por el Arca, lo que eliminó al Flood local. Antes de poder activar al Halo, necesitaba la activación del Índice, que Cortana había adquirido en Halo. El Jefe salva a Cortana de High charity, y sobrecarga su reactor principal para destruir la nave y matar a Gravemind.

Al llegar al nuevo Halo, Cortana le advierte que Gravemind estaba tratando de reconstruirse a sí mismo en el anillo, el Jefe, el Árbitro, y Johnson llegan a la sala de control, donde activan el arma de Halo, Chispa culpable explica que, debido a que el anillo todavía no está completado, una activación prematura podría destruirlo a él y al arca, como Johnson ignoró su advertencia, Chispa culpable lo mató para proteger a ‘su’ anillo. El Jefe destruyó a Chispa culpable, activó el anillo, y apenas consiguió escapar con el Árbitro y Cortana en Forward until dawn, una nave UNSC, mientras Halo explota, de vuelta en la Tierra, la parte de adelante del Forward unto dawn se estrelló en el océano, y los trabajadores sacaron al Árbitro de los restos, se realizó un servicio memorial por los héroes caídos de la guerra entre los humanos y el Covenant; el Jefe supuestamente estaba muerto. Luego del servicio, el Árbitro abordó su nave y partió hacia su planeta natal, donde los Elites finalmente habían logrado la independencia de la hegemonía de los Profetas. Si el jugador esperaba un rato después de los créditos de cierre, una escena revelaba que el Jefe y Cortana en realidad habían sobrevivido al incendio del Halo y estaban esperando el rescate mientras viajaban por el espacio, si se completa el juego en el nivel de dificultad ‘Legendario’, la escena continúa y describe la parte arruinada del Dawn dirigiéndose hacia lo que parece ser un planeta.